政治腐败和中央集权
在明朝中后期，随着时间的推移，皇帝越来越依赖于宦官、太监等非正规军事力量，这些人往往因其忠诚而获得高位，但同时也带来了严重的问题。他们利用自己的权力进行贪污腐败，对国家财政造成巨大损失。同时，由于皇帝对外交和军事等重要事务缺乏直接参与，而是通过这些宦官来处理，这导致决策效率低下，甚至出现了宦官专权的情况。
社会经济问题
尽管明朝初期实现了农业生产的大幅度提高和人口增加，但到了后期，却出现了一系列社会经济问题。例如，一方面由于地主阶级对农民的压迫，以及土地兼并加剧，使得广大农民生活困难；另一方面，一些地方政府为了填补空白的税收漏洞，不断提高赋税负担，对底层人民造成极大的打击。此外，商业活动受限，加之货币贬值等因素，也影响了整个社会经济结构。
文化教育倒退
在明朝晚期，由于政治动荡以及其他种种原因，文化教育领域遭遇了前所未有的挑战。书籍出版受到严格限制，大量优秀学者被迫隐居或流亡海外。而且，即便是那些能够留下的学者，他们也常常不得不因为生计问题而放弃研究工作，从而导致了科学技术及文化知识的大幅度停滞。这对于一个曾经以文治武功著称的帝国来说，无疑是一次沉痛的人类精神损失。
外患与内忧
在面对不断增长的国力时，明朝开始过分扩张领土，并试图通过强硬手段维护自己的一切利益。但这种政策最终只不过是在为即将到来的灾难埋下伏笔。在日本、蒙古、满洲等多个方向上，都有不同的威胁随时准备侵袭。而内部则存在着各种反抗势力，如起义领导人李自成领导的一场持续数年的农民战争，这些都给予了敌人的机会，最终使得国家陷入混乱无序之中。
制度创新与改革尝试
尽管面临众多挑战，但仍有一部分精英人物致力于推进制度改革，以挽救垂危局势。如朱舜水提出了“抑富养贫”的方案，以减轻贫苦百姓的负担；还有像方孝孺这样的学者，他倡导“实用主义”，提出要改善科举考试系统，使其更符合实际需要，为人才选拔提供更公平合理的手段。不过，由于这些改革措施遭到了既得利益者的抵制，加上政治环境复杂多变，最终这些努力都无法真正改变命运，只能作为历史上的遗憾之一去看待。
