明朝的覆灭与南明政权的建立
在1644年清军攻破北京，崇祯帝自缢身死后，中国大陆实际上分为两部分，一是被清军控制的北方，一是由南京为中心的明王朝残余势力所控制的大理寺左少卿张献忠称帝，建立了四川行都司，并开始了对全国范围内的一系列征服活动。
张献忠和李自成的争夺天下
随着张献忠在四川地区逐渐巩固地位，他试图统一全国。然而，这时另一个起义领袖李自成也在山西、陕西等地崛起，其力量迅速增长。双方之间展开了一场规模巨大的内战，最终李自成取得优势，被尊为“皇帝”，建立了弘历政权，但他未能有效地稳定国内局势。
南明三藩之乱与吴三桂叛变
南明政权虽然有过短暂恢复，但很快就陷入混乱状态。在这样的背景下，东林党人拥立朱由检称帝，是为光宗，而后者又被迫禅让给其子朱慈烺，即熹宗。这段时间里，又出现了唐顺事件和陈洪范、郑成功等人的抗击清廷斗争。
清政府统一全境并确立制度
尽管面临来自各个方向的挑战，但清政府最终以吴三桂叛变并帮助清军攻占南京而告结束。吴三桂本计划独立建国，却因恐惧被杀害而投降于清。但他的这一举动却成为推翻整个南明政权的关键因素。至此，中国大陆再次统一于一个中央集权国家——满洲族领导下的清朝。
明末士人思想转向抗金或隐逸生活
在这期间，不少士人则选择逃往海外，或是在家中隐居，以避免政治纷争，他们中的许多人专注于文学创作，对后世影响深远。此外，还有一些士人，如郑成功，他利用自身家族历史上的海上贸易资源，在台湾建立基地，对抗荷兰殖民者，并且在1661年的长江口之战中一度打败荷兰舰队，为将来反抗满洲民族统治奠定基础。
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