政治腐败与中央集权的衰弱
元朝自成吉思汗起家，逐步形成了以蒙古族为主体的帝国。然而，随着时间的推移，这个由草原游牧民族构建起来的政权在面对中国汉族和其他民族时遇到了一系列问题。首先，在政治结构上，元朝采用的是较为完善的中央集权制度，但这种制度在长期运作下却也产生了严重的问题。官僚体系变得庞大而复杂，一方面导致效率低下；另一方面，因为缺乏有效监督机制，便滋生出大量贪污腐败现象。
外来侵扰与边疆防御的疲惫
元朝之所以能够迅速扩张其领土，是因为它有强大的军事力量。但是，这种快速扩张也带来了新的挑战。在北方，从忽必烈统治初期开始，就不断有察罕、乃蛮等部落发动袭击，而东南沿海则受到明清两代频繁侵扰。此外，从14世纪中叶起，欧洲航海家开始探索亚洲，对元朝的一些贸易路线造成冲击。而这些来自各个方向的压力，都使得元朝需要分散兵力进行防御，使得中央对地方控制力进一步削弱。
内乱与民变
元朝内部存在着多种矛盾和冲突。一方面，由于历史上的偏见和文化差异，蒙古人对汉族及其他少数民族的手段处理往往过于粗暴，这引发了广泛不满。另一方面，由于经济问题，如土地兼并、财政负担加重等原因，也激化了社会矛盾。这一切都助长了民变势力的发展，如红巾军、白莲教等宗教运动，不断地威胁着元政府的稳定。
农业灾害与人口减少
较晚时期，一系列自然灾害如干旱、洪水、鼠疫等，以及连年战争所带来的破坏，都严重影响到了农业生产，并导致粮食短缺。这不仅加剧了社会贫富差距，还直接影响到国家税收和军费预算，使得政府难以为继。此外，由于连年的战争死亡人口众多，加上疾病流行，如黑死病等，无疑进一步削弱了国家的人口基础。
国际环境变化与藩属国独立
在国际形势发生变化的情况下，即便是一个强大的帝国也不可能独善其身。在14世纪末至15世纪初，当欧洲文艺复兴达到高潮，而同时正值金帐汗国崩溃后出现空白时，大批欧亚内陆游牧部落趁机崛起，他们成为中亚及东欧地区新的重要力量之一，与此同时，也让原本属于元帝国内的小型藩属国或诸侯国感到自己可以更自由地行动，最终许多地区宣布独立脱离元廷管辖。
