经济困境
在万历年间，明朝的经济开始出现了严重的问题。首先是财政赤字问题，随着战争和对外扩张的增加，国家支出不断上升，而税收却难以跟上增长速度。因此，政府不得不通过发行纸币来弥补缺口，这导致了货币贬值和通货膨胀。
此外，由于人口众多、资源有限，加之农业技术落后等原因，使得粮食生产无法满足国民需求，因此出现了饥荒频发的情况。这不仅影响到农民的生活，也加剧了社会矛盾和动荡。在这种情况下，大量流离失所的人口成为城市贫困人口的一大来源，他们往往成为犯罪分子的温床，对社会治安造成严重威胁。
政治腐败
万历年间政治上的腐败现象也日益嚧显。皇帝个性内向，不擅长处理国事，这导致宦官专权、地方豪强横行霸道等问题更加突出。宦官们利用自己的地位为非作歹，不断侵占国家财富，并且滥用职权干预政务，以私欲为驱使。
同时，由于中央集权过度，使得地方行政效率低下，一些地方豪强借机盘踞，在当地实行一言堂的统治，有时甚至敢于反抗中央政府的手段。而这些豪强之间又互相勾结形成了一个庞大的利益集团，他们通过贿赂手段控制选举，从而巩固其势力。
社会矛盾激化
随着经济困境和政治腐败的问题日益严重，社会矛盾也逐渐激化。大规模的人口流动带来了劳动力市场供需关系的极端变化，一方面是大量无家可归者涌入城市寻求生计，但另一方面则是许多职业机会被既有阶层所垄断。这造成了一种逆向淘汰，即新进入市场的人群在竞争中难以立足，只能接受低薪工作或者从事违法活动以维持生存。
此外，由于传统封建制度仍然存在，上层社会对于改革开放持保守态度，他们认为任何改变都会威胁到他们的地位和利益，而这一观点进一步阻碍了社会变革与发展，为明朝衰退埋下伏笔。
文化衰落
文化领域也是明朝衰退的一个重要标志。在万历年间，文人墨客虽然依旧有产，但由于种种因素，如政治压制、思想封闭以及个人物质条件恶劣等，都使得文化创造力受到限制。此外，由于官方倡导儒学至上，对其他学科如医学、天文学等进行压抑，使得科技进步受阻，与时代发展脱节。
外患加剧
最后，在国内困扰未解决的情况下，明朝还面临着来自周边国家不断增大的军事威胁。李自成领导的大顺起义，以及努尔哈赤建立清王朝并攻占辽东地区，都给予了明朝沉重打击。此时期内战频繁，加之边疆防御不足，再次凸显出国家内部虚弱无力应对挑战，从而加速了整个帝国体系崩溃过程中的步伐。
