王小波曾经以“不新的《万历十五年》”来形容这本书，其实，万历十五年，即1587年，既有决定性事件，也有平淡无奇之处，但它标志着中国封建王朝发展的一个关键时期。
过去的明史叙述往往强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，这种贫困的根本原因在于法律与政府效能的缺失。自古以来，以道德取代法制的情况，在明代达到极致，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，便是要揭示这一点。
那一时代的重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。即便是万历帝，在这种官僚体制下，只能采取观望态度。由此可见，是一种强大的体制惯例所带来的悲哀。这群文官每人各具特色，却又试图改革，最终失败，大多数人遭受革职或入狱。在这样的环境中，国家武备、科技创新和商业发展都陷入停滞。文官集团的统治，使他们对国家来说，无疑是一次不幸的开始，而文官与宦官之间权力的争夺，更是导致大明王朝走向衰败。
历史上，那一年看似平凡，但其中却隐藏了许多容易被忽视的小事，它们似乎微不足道，却又成为了前因后果，将影响到未来的重大事件。而这些关系错综复杂，恰恰构成了历史学家的关注重点。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物的描述，看到了这个帝国衰落的情景，以及那些帝王将相命运如何随时间而消逝。
虽然黄仁宇在书中已经深刻批判了中国依赖意识形态作为统治手段的情况——意识形态不能替代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特征之一就是依靠意识形态作为统治工具；这种意识形态渗透到帝国所有方面，无论其强度还是广度，都达到了前所未有的程度。
从那一年起，中国与西方之间的差距越发显著！西方帝国正在崛起，而东方帝国则步履维艰！
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