王小波曾经以“不新的《万历十五年》”来形容这本书，其实，万历十五年，即1587年，这一年里发生了许多决定性的事件，也许平淡无奇，但它正是中国封建王朝发展的一个转折点。在过去的明史叙述中，“税重民穷”的说法几乎占据了主导地位，而黄仁宇则认为民穷的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府的低效。两千年的中国历史，以道德代替法制到达了极点，而他写作《万历十五年》的目的，就是要揭示这一观点。
在万历时期的大臣们，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们都以悲剧收场。即使是万历帝自己，在这样的文官集团体制下，只能选择无为而治。这让我们看到了强大体制惯性所带来的悲哀。每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，同时尝试改革，但最终失败，大多数人甚至落得革职入狱。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备科技革新商业发展陷入停滞。文官集团的统治对这个国家来说，无疑是一场灾难，一场文官与宦官夺权更是致命打击，使得大明王朝走向衰败。
然而在历史长河中，万历十五年的确是一年平凡，却也藏着若干被历史学家忽视的小节事件，它们看似微不足道，却其实包含着前事后果，以及将引发未来动荡的种子。当这些关键人物和事件相互交织，我们才能真正看到那个没落帝国悲剧命运的一面。《万历十五年》通过描述几个关键人物，看出了这个帝国衰败的心路歷程，最终由历史抹去了他们所有一切。
尽管黄仁宇在书中深刻批判了中国以道德代替法律的情况，他指出道德非但不能代替技术，更无法取代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段，将意识形态渗透至帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前的程度。而从那时候开始，中国与西方之间的差距越来越显著：西方正在崛起，而东方正在消亡。
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