自幼随祖父居住在京城，深爱皮黄艺术，幸得谭鑫培亲传艺学。后来以票友之名，在上海、杭州、汉口、常州等地不定期表演。与另一位票友王君直并称“南朱北王”。著名的票友陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提及的谭派高手之一，朱耐根就列入其中。苏少卿在《剧评》上赞扬了朱氏的声音说：“如浮云遮月”，“媲美小余，其传音区区苍劲，更是炉火纯青”。
中年以后，朱耐根作为票友生活于上海，被当地票界尊称为“耐二爷”，并被誉为票界的宗师。他精通谭派唱腔，并曾经在扬州和常州教授这门艺术。宝应地区的票友们，如佑申和郭季良，与他结拜，并时常切磋技艺，他对他们教导极有裨益。在此之后，宝应地区学习京剧的人很多，这无疑是受到他的影响。朱耐根夫人魏雅兰也是一位票友。
他的唱腔曾被高亭和百代两家公司录制成三张唱片，《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）和《探母回令》（与陈小田合作）。由于谭鑫培没有录制过这些作品，所以这三张唱片成为了研究谭派声乐艺术的一份珍贵资料（现在这些唱片保存在上海图书馆）。
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