中央集权过度加强
明朝初期，朱元璋为了巩固自己的统治地位和中央集权，实行了一系列严厉的法律，如《大明会典》等。这些法律虽然在短期内增强了政府的威望，但长远来看，却导致了官僚机构臃肿，效率低下，以及对地方士绅和知识分子的压迫，使得国家内部矛盾激化，最终影响了整个社会的发展。
经济制度不合理
明朝采取的是一种重农抑商、封建经济体制，这种经济制度限制了市场经济活力，阻碍了商品流通和生产力的发展。同时，由于对农业实行租税繁多，加上土地兼并现象，不利于农业生产的进一步提高，这些都为明朝最失败的原因之一提供了依据。
文化教育上的错误
朱元璋一开始提倡儒学，但是随着时间推移，他越来越排斥异己，对待知识分子变得更加严苛。这使得原本能够促进文化繁荣与社会进步的一项政策，最终变成了镇压思想自由和批判性的工具。同时，由于科举考试过于复杂，以至于更多的人只能通过买官或靠关系获得高位，这也削弱了社会阶层之间真正意义上的流动性。
外交政策失误
面对外部压力如蒙古、土耳其等民族侵扰以及日本 pirates 的海盗行为，明朝采取的是防御性的军事策略，而不是建立起一个有效的防御体系。在此基础上，再加上中央集权下的腐败现象，使得实际上国防建设无法得到有效实施，因此遭受了一连串战败。
农业问题未解决
尽管早期朱元璋曾经提出要减轻农民负担，并进行一些改良，但由于缺乏有效执行机制，以及随后的政治斗争所带来的政策反转，最终未能真正解决问题。此外，因缺乏适应自然环境变化的手段，加之灾害频发（如洪水、旱灾），农业生产一直处于困境中，为国家积累财政危机埋下伏笔。
官僚系统腐败深入
由于选拔方式主要依赖科举，所以有许多人仅凭文本功而非真才实学就能进入仕途。而且，由于是由皇帝直接指派，一旦取得高位，就很难被罢免，从而形成了一种“升迁到顶端后即不可动摇”的局面。这不仅造成人才培养上的浪费，也导致官场充满贪污腐败，使得国家行政效率极低。
