在中国教育和科研计算机网的社会背景下，朱祥坤致力于“测基因”元素的人。通过对石头中的不同元素进行同位素分析，可以揭示它们的“家族”来源、形成时间和过程。朱祥坔的工作是长期坚持，不仅需要仰望星空寻找生命迹象，还要脚踏实地，探索地球之谜。他曾加入英国牛津大学小组参与非传统稳定同位素研究，并在2002年回国加入中国地质科学院，继续他的研究。
朱祥坔认为给地球中不同的物质测定其多种元素的“基因”，能够揭开更多地球之谜。尽管他最初被问及这一工作是否有用时，他会回答“我不知道”，但实际上，这项基础研究为许多不同领域提供了理论框架。在国际上，他率先建立了铁钛等多种非传统稳定同位素高精度分析技术，为解决国家资源环境重大问题提供了科技支撑。
朱祥坔获得国家自然科学基金两个项目，即国家杰出青年科学基金项目和重点项目，是他科研生涯中的重要转折点。这两项资金支持使他能够独立进行科研工作并取得了一系列成果，其中包括建成全球首个碳酸盐岩稀土元素精确定量部分溶解法，以及发现中元古代的一次氧化事件，这一发现推翻了传统认识，对地球早期环境与生命协同演化研究产生重大影响。
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