一、行政体系
明朝台湾的行政体系主要由总督和巡抚构成。总督是最高行政长官，负责全岛的统治工作，而巡抚则为其助手，具体负责各地的日常管理。除了这些中央派遣的大员外，还有本土士绅参与地方事务，形成了多层次、分权制定的行政体系。这一制度在一定程度上维持了台湾地区的稳定，但也存在效率低下和腐败问题。
二、税收制度
为了巩固对台湾的控制，并筹集资金用于中央政府的事业，明朝实行了一系列严格而复杂的税收制度。包括土地赋税、丁畴田役等，这些都是基于农民生产资料征收的一种形式。此外，对于商贸活动，也有一套繁琐而细致的小额税目，如市舶司等机构负责管理海关进出口商品并征收相关费用。虽然这套系统对于增加国家财政收入起到了积极作用，但对农民和商人的负担也是相当重大的。
三、社会阶层
在明朝时期，台湾社会主要分为士族、大户、小户以及奴婢四个基本阶层。大户们因拥有较多土地资源，其影响力相对较大；小户则处于弱势状态，他们往往被迫从事农业以外的手工艺或服务行业以维持生计。而奴婢则是最底层的人口，他们通常是由于债务无法偿还或者犯罪被卖身为奴的地主子弟。在这种社会结构中，上下的差距非常显著，加剧了社会矛盾。
四、文化交流
尽管受限于地理位置和政治环境，不同民族之间存在着隔阂，但明代台湾仍然是一个文化交流频繁的地方。在当时，有许多汉人移居到这里，与原住民族以及其他少数民族进行了深入接触，从语言习惯到宗教信仰都有所交融。此外，由于海上丝绸之路上的贸易活动加强，使得来自中国内陆及东南亚地区的一些物品进入了台湾市场，为当地居民提供了一定的生活便利，同时也促进了不同文化之间互动与学习。
五、军事防御
面临荷兰东印度公司（VOC）的威胁，以及原住民族群体可能爆发反抗的情况，明朝政府将大量兵力投放到台岛，以确保这一战略要塞不落入敌手。当时，在金门附近设立了一座重要军事基地——金门城，该城不仅作为防御线，而且也是监视海峡交通的一个关键点。此外，还建立了一系列前哨站来警戒潜在侵犯者，并组织本土部队与原住民共同抵抗侵略势力。
六、本土运动与反抗
随着时间推移，一些本土领袖开始寻求更高程度的自治甚至独立，这一要求在一定程度上激化了与清廷关系的问题。如郑成功领导的大陆及海外华人联合起来打击荷兰殖民者的斗争，就是一个典型案例。他利用自己的军事才能，以及广泛的人望，最终成功攻占荷属台灣，并宣布成立“郑氏王国”，这是现代意义上的第一批本土运动之一。在这个过程中，本土人民意识到了自己可以通过团结起来实现自我保护乃至自主发展，这种思想后来成为未来各种独立运动的一个重要基础。
