王小波曾经以“不新的《万历十五年》”来形容这本书，其实，万历十五年，即1587年，既是中国封建王朝发展的重要节点，也是平淡无奇的一年。黄仁宇认为，明代民穷之深，不在于赋税过重，而在于法律与政府效能的低下。在两千年的历史中，以道德取代法制到了明代最为极端，他写作《万历十五年》，正是为了阐述这一观点。
在万历时期，大臣如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个都以悲剧收场。即使皇帝也只能采取无为而治，这体现了强大体制惯性的悲哀。他们虽有改革之意，但终究失败，被革职或入狱。一群文官为了维护集团利益，使国家武备、科技进步和商业发展停滞。这一文官集团统治让国家遭遇不幸，同时宦官集团夺权更是致命打击，对大明王朝造成了毁灭性影响。
尽管历史上看似平凡，但《万历十五年》揭示了一系列容易忽视的小事件，它们却触及了前事后果以及未来机缘，让这些看似末段细节却关键性的事件显得尤为重要。通过对几个关键人物的描述，我们看到这个帝国的悲剧命运，最终这些帝王将相所遗留下的痕迹被时间抹去。
黄仁宇批判了中国以道德代替法律的情况，他认为这是帝国各方面依赖意识形态统治的一个标志，无论是在强度还是广度上都是空前的。他还指出，从1587年的那一刻起，中国与西方之间的差距逐渐拉开。在此同时，一边是西方帝国崛起，一边则有东方帝国走向衰败。
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