兵力疲惫
在明朝后期，国库空虚，军饷滞纳不发，加之连年战争和对外防御的巨大压力，使得士兵们普遍感到饥寒交迫。军队战斗力的下降导致边疆地区频繁受到外敌侵扰，甚至内部矛盾也随之加剧。例如，在崇祯时期，由于军费不足，清剿农民起义的力量被削弱，无奈中只能眼睁睁看着反抗者逐渐壮大，最终演变为全面性的内乱。
经济衰败
明朝晚期经济面临严重困境，一方面是人口众多、土地有限导致农业生产力下降；另一方面是官僚体制腐败严重、税收制度失效造成财政危机。在这种背景下，大量的人口流离失所，没有稳定的生活来源，这些社会矛盾最终引发了连串的社会动荡，如“三藩”事件等，是由此产生的一系列政治危机直接影响到了整个国家的命运。
官僚体制腐败
官僚体系作为国家治理机构，其职能范围广泛，但在明末时期却成为阻碍国家发展的大坤。一方面，不断增加的地方行政机构和官员数量，而中央集权下的财政能力无法满足其需求，因此大量地方官员利用手中的权力进行贪污腐化；另一方面，科举制度虽然能够选拔出一些有才华的人才，但往往因为宦途漫长而不得不通过贿赂来获得升迁，这种情况进一步加深了社会底层对上层精英信任度的问题。
科技落后
科技进步对于任何一个国家来说都是推动发展的一个重要因素，而明朝则显得落后于时代。在科学技术领域，它没有像当时西方世界那样取得突破性进展。而且，当时许多传统工艺已经开始式微，并未得到有效改良。同时，由于封建礼教等原因，对自然科学研究缺乏积极支持，从而使得中国在科技竞争中处于劣势，为入侵者提供了更多空间和机会。
社会结构分裂
由于地主阶级对农民阶级实行严苛剥削，同时由于中央政府对地方自治实行严格控制，使得社会结构变得非常脆弱。这就给了反抗力量如李自成领导下的农民起义以充分的空间，以至于他们能够迅速扩张并最终夺取天京（今北京），建立自己的政权，即著名的“山海一统”。这也是为什么说当时中国出现了一系列割据局面的原因之一。
