王小波曾经以“不新的《万历十五年》”来形容这本书，其实，万历十五年，也就是1587年，是一个既充满决定性转折又显得平淡无奇的一年。它正是中国封建王朝发展史上的一个关键节点。
过去的明史叙述中几乎都提到“税重民穷”的问题，但黄仁宇认为，这并非赋税过重所致，而在于法律与政府能力的低下。两千年的中国，以道德代替法制达到了极点，黄仁宇通过《万历十五年》强调了这一观点。
在那个时代的大臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人的故事都充满了悲剧色彩。即使是当时的皇帝万历，他也只能选择无为而治。在这种体制下，他们试图进行改革，但最终失败，不少人甚至遭受革职或入狱之辄。一群文官为了维护集团利益，使国家武备科技革新和商业发展陷入停滞。这一文官集团统治不仅给国家带来了不幸，还导致了宦官集团夺权，大明王朝迅速走向衰败。
历史上看起来，万历十五年的确是一年平平无奇，但却隐藏着若干被忽视的小事件，它们虽看似轻微，却揭示了前事后果及将来的机缘。这其中的因果关系，就是历史研究的重点。而通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展现了一切帝国悲剧命运，最终让这些帝王将相功亏一生。
黄仁宇在书中深刻批判了中国以道德代替法律的情况，他认为，这种做法不可取，因为意识形态无法完全替代技术，更不能完全替代法律。明朝特征之一便是依赖意识形态作为统治手段，使其渗透帝国各个方面，从强度到广度，都达到了空前的程度。
从此以后，中国与西方之间的差距日渐拉大，西方帝国崛起，而东方则开始走向沉沦。
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