王小波曾经形象地将这本书比喻为“不新的《万历十五年》”。的确，1587年的明朝，也就是万历十五年，是一个决定性的一年，但它同样可以被视作平淡无奇甚至毫无可谈之处。然而，这一年恰好标志着中国封建王朝发展的一个重要转折点。
过去关于明史的叙述几乎都围绕着“税重民穷”的说法，而黄仁宇则认为，“民穷”的根源并不在于国家过度赋税，而在于法律和政府体制的低效。两千多年的中国历史，以道德代替法制到了极致，黄仁宇撰写《万历十五年》的目的正是为了强调这一观点。
在万历时期的重臣中，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人的故事都充满了悲剧色彩。即使是万历帝自己，在这种文官集团体制下，只能选择无为而治。这也揭示了强大体制惯性的悲哀。在这个集团内部，每个人都有各自的特点，有些人试图进行改革，但最终失败，大部分人还遭遇革职或入狱这样的命运。一群文官为了维护整个集团利益，使得国家武备、科技创新和商业发展都陷入停滞。文官集团的统治让他们对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，更何况文官与宦官之间夺权的事态，只能加速大明王朝衰败。
从历史角度来看，万历十五年的确是一个平凡的一年，却是在那一年发生了一系列容易被忽略但却深刻影响未来的事件。而这些事件虽然看似微不足道，却实质上成为了前事后果，也预示着未来可能掀起的大浪涛。它们之间复杂的情因果关系恰恰成为历史研究中的关键所在。在《万历十五年》一书中，通过对几个关键人物的描述，我们看到的是这个落魄王朝悲剧命运，以及最终如何消逝在时间河流中。
尽管对于中国以道德代替法律的问题，黄仁宇已经在《万历十五年》中进行了细致批判——道德并非完美，它无法取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝特有的模式是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国每一个角落，无论强度还是广度，都达到了空前的水平。
从那时候起，即1587年的某一刻起，中国与西方之间日益扩大的差距就逐渐凸显了出来！西方帝国正在崛起，而东方帝国开始走向衰退！
