明太祖朱元璋即位后，对于运河的修复工作给予了高度重视，认为它是连接南北、促进经济发展的重要通道。因此，他下令对沿线堤坝进行加固和修缮，并且在一些地方甚至新建了一些堤坝以防止洪水泛滥。
明成化年间，由于长期不维护，运河出现了严重的问题，比如堤坝损坏、航道淤塞等，这极大地影响了粮食的输送和商贸物资的流通。为了解决这些问题，政府组织民众一起进行了大规模的修理工作，并且还加强了对沿线地区管理，以确保运河能够正常使用。
随着时间的推移，随着社会经济水平不断提高，大运河不仅仅成为粮食输送的一条生命线，也逐渐演变成了一个繁忙的大型交通枢纽。在明嘉靖年间，一些地方政府开始对原有的堤坝进行改造升级，使其适应更大的船舶通过，同时也加强了岸边设施建设，如码头、仓库等，以便更好地服务于商贸活动。
明万历年间，大運河面临新的挑战，那就是频繁的地震导致的地形变化和建筑破坏。这一时期，不少历史文献记载到许多小型支渠被填埋，而原有的主干渠则需要重新勘察并做出相应调整，以保证水路交通安全。此外，还有更多的人口和资源投入到了城市规划上，为接下来的社会发展奠定基础。
在明末清初时期，大運河再次迎来了重大转折。在清军攻占北京后，他们将首都迁至南京，并利用大運 河作为连接江南与北方重要通道之一。此时的大運 河已不再只是单纯的一个农业灌溉工程，而是一个集政治、经济、文化交流于一体的大型区域网络系统。
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