倭寇的侵扰
倭寇是明朝晚期最大的外患，它们来自日本，主要活动在东南沿海地区。从14世纪中叶起，倭寇开始频繁地侵扰中国海岸线，他们以掠夺和劫掠为主，不仅对沿海城市造成了巨大损失，还对内陆地区的人口安全构成了威胁。随着时间的推移，倭寇不仅数量增加，而且实力也日益强大，对中国造成了极大的困扰。
内部腐败与军队弱化
同时，明朝内部也存在着严重的腐败问题。官员贪污、奢侈浪费成为常态，这导致国家财政紧张，无法有效应对外来威胁。此外，由于长期战争和经济负担，使得国防体系逐渐削弱，大量士兵因饥饿、疾病而死亡或逃离军队，使得边防力量进一步削弱。
行政体制弊端
明朝行政体制虽然在当时被认为是完善的，但实际上却存在许多弊端。例如，一级宦官权力过大，不受监察，因此往往滥用职权甚至篡夺皇权。而且中央集权下的地方制度过于僵硬，使得地方政府缺乏独立性和自我修正能力，加剧了管理效率低下和政策执行不力的现象。
经济危机与社会动荡
随着人口增长和资源枯竭，土地兼并加剧，大量农民变成了流民或贫农，这些流动人口成为了社会不安定的源泉。而商业资本主义发展迅速，与传统农业经济之间矛盾激化，为后来的农民起义埋下伏笔。在这种背景下，当时的一些改革，如朱元璋试图通过减免税赋来缓解农民负担，但这些措施未能根本解决问题，只能暂时缓解矛盾。
文化衰退与思想封闭
文化上的衰退也是明朝由盛转衰的一个重要标志。尽管有名的大臣如徐阶等人提出了开阔视野、学习西方科学技术的建议，但是由于政治斗争以及传统观念深入人心，这些新思想很难得到广泛接受。一方面，是因为学术界中的保守势力阻碍了新的知识传播；另一方面，也因为君主对于异端思潮过度排斥，而忽视了科技进步带来的潜在好处。这使得中国在世界上的领先地位逐渐丧失，被欧洲列强超越。
